沉香，之所以可以成为众香之首，除了其本身多层次的熏香韵感外还有很重要的一点就是，它的药用价值，其药用历史已有1500多年。据统计，含有沉香成分的方剂在中医古籍记载在册的就有795个，配方有1168个。沉香是一味很好的中药药材，其气芳香走窜，味辛行散，性温祛寒，名列为本草类上品，具有行气止痛、温中降逆、纳气平喘等功效。
中国沉香的药用价值极高，是我国沿用历史悠久的珍贵中药。珍贵药典及历代医学家对沉香治病的一些记载摘要如下：
《太平惠民合剂局方》
沉香降气丸以香附（炒，去毛）四百两，沉香十八两半，缩砂仁四十八两，甘草（爁）一百二十两。治胸膈痞塞，心腹胀满，喘促短气，干哕烦满。上为细末。每服一钱，入盐少许，沸汤点服，空心食。
《本草新编》
“沉香，温肾而又通心，用黄连、肉桂以交心肾者，不若用沉香更为省事，一药而两用之也。但用之以交心肾，须用之一钱为妙，不必水磨，切片为末，调入于心肾补药中同服可也。”
《本草新编》记载了沉香温肾通心，对心脏疾病的良好功效：取一钱沉香，切片磨末，调入心肾补药中一起服用即可。日本医学界研发的心脏名药“救心"既是沉香所提炼，沉香于心肌梗塞的发作急救有重要的意义，成为心肌梗塞患者必须常备的药物。
《雷公炮制药性解》
“沉香属阳而性沉，多功于下部，命肾之所由入也。然香剂多燥，未免伤血，必下焦虚寒者宜之。若水脏衰微，相火盛炎者，误用则水益枯而火益烈，祸无极矣。今多以为平和之剂，无损于人，辄用以化气，其不祸人者几希。”
《雷公炮制药性解》则记载了沉香入药的注意事项：沉香属阳，性温，体质虚寒者宜用；性热之人慎用。
《药品化义》
“沉香，纯阳而升，体重而沉，味辛走散，气雄横行，故有通天彻地之功，治胸背四肢诸痈及皮肤作痒。且香能温养脏腑，保和卫气。若寒湿滞于下部，以此佐舒经药，善驱逐邪气；若跌扑损伤，以此佐和血药，能散瘀定痛；若怪异诸病，以此佐攻痰药，能降气安神。”
《药品化义》记载了沉香对痛痒类皮肤疾病的强大功效，称“疏通经络，血随气行，痰随气转，凡属痛痒，无不悉愈”，可止痒散瘀，降气安神。
《本草经疏》
“沉香，气芬芳，《本经》疗风水毒肿者，即风毒水肿也。水肿者，脾湿也，脾恶湿而喜燥，辛香入脾而臊湿，则水肿自消。凡邪恶气之中人，必从口鼻而入，口鼻为阳明之窍，阳明虚则恶气易入，得芬芳清阳之气，则恶气除而脾胃安矣。沉香治冷气、逆气，气郁气结，殊为要药。”
《本草经疏》记载了沉香温脾去湿从而治疗水肿的药用原理：口鼻为人阳明之窍，容易被恶气侵入。恶气入体，则脾湿，脾湿则水肿。沉香的芬芳清阳之气从口鼻进入体内消除了恶气，脾胃好了水肿自然消除。
《本草纲目》
“沉香，气味辛，微温，无毒。主治：风水毒肿，去恶气；主心腹痛，霍乱中恶，邪鬼疰气，清人神；调中，补五脏，益精壮阳，暖腰膝，止转筋吐泻冷气，破症癖，冷风麻痹，骨节不任，风湿皮肤瘙痒，气痢；补脾胃，益气和神。治气逆喘急，大肠虚闭，小便气淋，男子精冷。”
《本草纲目》记载了沉香去恶气，治腹病，清人神，补五脏，止痒止泻，去风湿，补脾胃等各方面的功效。沉香对于治疗腹胀、胃寒、肾虚、气喘有明显疗效，常用于治疗气逆胸满、喘急心绞痛、积痞、胃寒呕吐、霍乱、男子精冷、恶气恶疮等症。
